Според слуховете царят е отровен по нареждане на Хитлер
Цар Борис III умира неочаквано след кратко боледуване в 16:22 ч. следобед на 28 август 1943 г., скоро след като се връща от последната си визита при Хитлер. Според дневника на германския военен аташе в София по това време, полк. фон Шьонебек, двамата германски лекари, които са се грижили за царя – доктор Зайц и токсикологът доктор Ханс Епингер, са вярвали, че Борис е починал от същата английска отрова, която д-р Епингер е открил две години по-рано при аутопсията на гръцкия първи министър Йоанис Метаксас – действа бавно и след седмици и причинява появата на петна по кожата.
Според слуховете царят е отровен по нареждане на Хитлер, за когото се знае, че е бил бесен след отказа на българския владетел да предаде българските евреи за унищожение в лагерите на смъртта, както и да изпрати войски срещу СССР. След петдневно поклонение в катедралата „Св. Александър Невски“, на 5 септември траурното шествие достига до Рилския манастир, където царят е погребан в манастирската църква.
На престола го наследява невръстният му син Симеон II, от чието име управлява избран от народното събрание регентски съвет – проф. Богдан Филов, княз Кирил и генерал-лейтенант Никола Михов. След преврата на 9 септември 1944 г. е назначен нов и последен регентски съвет в състав: акад. Тодор Павлов, проф. Венелин Ганев и Цвятко Бобошевски, който управлява до установяването на републикански режим на 15 септември 1946 г.
През 1946 г., по нареждане на комунистическите управници, останките на царя са ексхумирани и тялото му е препогребано в малък параклис в парка на двореца „Врана“. През 1949 г. този параклис е взривен и заравнен.
След 10 ноември 1989 г. парламентарна комисия ръководи издирването на тленните останки на царя, но е открито само сърцето му, което се намира на гробното място в парка на двореца „Врана“. То е препогребано на мястото на възстановения гроб в Рилския манастир през 1993 г.
